Hay hongos que no causan daño a las orquídeas.  Por ejemplo, si lo que encuentras en las raíces (aún sin sacarlas de la maceta) es una capa de moho blanco, que parecen cientos de pelitos blancos muy delgados en grupos, puedes dejarlos siempre y cuando observes que no se expandan.  Este tipo de hongo es común en épocas de lluvia.   Incrementa la ventilación (puedes usar un ventilador oscilatorio), aumenta la luz (LEDs) y trata de bajar la temperatura de ser posible.

Sin embargo, si observas que empiezan a crecer las colonias y están invadiendo todas las raíces y parte de la base de la planta, es necesario actuar.  Esta infestación puede sofocar a las raíces y en consecuencia, matar a la planta.  La solución aquí es remojar por media hora a la planta en una solución de cloro diluído (1 cdta de cloro por 1 litro de agua); después enjuaga dejando correr agua sobre las raíces abundantemente y deja secar.

Si la infestación es pequeña, y tu medio es la semi hidroponía, puedes intentar hacerlo con todo LECA en su misma maceta.  Si es mayor, si es necesario retirar a la planta del sustrato o LECA y remojar las raíces en la solución.

Una alternativa al cloro es el agua oxigenada sin diluir.